یکی از چالش‌های جدید در برابر برهان نظم، نظریه کوانتوم است. فیزیک کوانتوم که بر پایه عدم قطعیت، احتمال و آمار بنا شده، در تفکرات فلسفی انسان تأثیر به‌سزایی داشته است. نظم در طبیعت از جمله مفاهیمی است که در پرتو این نظریه با تغییر معنایی شگرفی روبه‌رو است.
در فیزیک جدید، امکان رسم‌خط قاطعی بین عین معلوم و ذهن عالم وجود ندارد و برخی حتی معتقدند «شیئیت» یک ذره کوانتومی در گرو مشاهده ناظر است. با پذیرش اصل عدم قطعیت، تنها می‌توان برای آینده احتمالات را محاسبه کرد و به نظر می‌رسد که قوانین ثابتی در جهان اتمی و زیراتمی وجود ندارد.
در این نوشتار، برداشت‌های متفاوت از نظریه کوانتوم و تأثیر اصل عدم قطعیت بر برهان نظم مورد ارزیابی قرار گرفته و بر فرض صحت این اصل فیزیکی، از نظریه خداوند به عنوان مهارکننده عدم تعین‌های کوانتومی دفاع شده است.
)